O novo sistema tronco-alimentado contará com cinco Terminais de Integração, espalhados pela cidade: o Terminal da Saibreira, que ficará na Zona Norte, próximo ao bairro Caramujo; o Terminal do Largo da Batalha, que já está na fase de liberação do terreno; o Terminal João Goulart; o Terminal de Charitas; e o Terminal da Região Oceânica, em Piratininga. E funcionará através de linhas troncais (que circularão entre os terminais) e alimentadoras (ligando os bairros aos terminais). A previsão é que esse novo sistema atenda a 232 mil passageiros/dia.
Túnel Charitas-Cafubá – Para que haja a integração entre os terminais, é prevista uma série de intervenções como criação de faixas exclusivas para ônibus, mudanças de fluxos de vias e, no caso da integração entre os terminais de Charitas e da Região Oceânica, a construção do Túnel Charitas-Cafubá, que também terá pistas exclusivas para o transporte coletivo.
Amaral Peixoto – Na Amaral Peixoto, é prevista a implantação de duas faixas exclusivas para ônibus, que circularão nos dois sentidos, e a criação de três estações: Estação Barcas, próximo à Avenida Rio Branco; Estação Amaral Peixoto (parada central), que ficará situada próximo à OAB-Niterói; e Praça da República, já quase ao final da via, em frente ao colégio Liceu Nilo Peçanha. Os carros continuarão obedecendo apenas ao fluxo atual (sentido Barcas) em três faixas de rolamento.
Huap – Além das estações distribuídas pela Amaral Peixoto, outras estações serão construídas ao longo dos novos corredores de ônibus da cidade. Uma das mais importantes será a Estação de Integração Antônio Pedro, próximo ao hospital universitário. Ela ficará localizada estrategicamente sobre o Mergulhão, facilitando o acesso da população a ônibus com destino a vários bairros. Segundo Marcolini, para facilitar a circulação dos ônibus no trecho, em decorrência da estação, será necessária a desapropriação de prédios na esquina da Rua Dr. Celestino com a Avenida Marquês de Paraná.
Roberto Silveira – Outra estação será a Roberto Silveira. Ela ficará no ‘triângulo’, situado quase em frente ao Clube Rio Cricket, da Avenida Roberto Silveira, que também terá pistas exclusivas para ônibus, assim como na Amaral Peixoto. Para os carros, a via só terá uma mão, sentido Centro. Quem precisar seguir para Icaraí deverá pegar a Rua Men de Sá, que terá seu fluxo invertido, ou Gavião Peixoto, que não terá mais estacionamento.
São previstas, ainda, as estações do Campo de São Bento e Avenida 7 de setembro.
De acordo com Marcolini, a princípio, não serão empregados os famosos ônibus articulados – os BRTs (Bus Rapid Transit) –, como cogitou-se, mas o modelo especial de coletivo com entrada baixa e maior conforto.
Mergulhão – Outra medida, inclusa no Plano e já em andamento, é a construção de passagem subterrânea na Avenida Marquês do Paraná, que visa dar maior fluidez ao trânsito no local, permitindo a criação de um ponto de integração do sistema de transportes. É parte integrante do corredor Centro – Largo da Batalha.